L'assemblée générale est compétente pour les affaires concernant l'État fédéral, la Région de Bruxelles-Capitale, la Commission communautaire commune, la Communauté germanophone, les organismes publics qui en dépendent ainsi que pour l'interprétation des normes européennes et fédérales.
La chambre française est compétente de manière exclusive pour les affaires concernant la Communauté française, la Commission communautaire française, la Région wallonne, les organismes publics qui en dépendent, et les provinces wallonnes.
La chambre néerlandaise est compétente de manière exclusive pour les affaires concernant la Communauté flamande, la Région flamande, les organismes publics qui en dépendent, et les provinces flamandes.
Services administratifs
Les services de la Cour des comptes sont composés de dix directions, placées sous l’autorité d’un premier auditeur-directeur, et regroupées en trois secteurs.
Le secteur I est un secteur d’appui. Il se compose de la direction de la coordination et des études, dont les services du greffe, et de la direction des affaires générales.
Les secteurs II (fédéral) et III (communautés et régions) sont des secteurs opérationnels. Ils sont constitués de directions appartenant au pilier financier ou au pilier thématique.
Le pilier financier élabore les analyses budgétaires, produit des audits financiers et contrôle les comptes des services et des comptables publics.
Le pilier thématique réalise les audits relatifs à la légalité et à la régularité des opérations et des procédures, ainsi que les audits du bon emploi des deniers publics afin de mesurer l’efficacité, l’efficience et l’économie d’un service, d’un processus ou d’une politique.
La répartition par secteur correspond aux compétences de l’assemblée générale, de la chambre française et de la chambre néerlandaise.
Ressources humaines
La Cour des comptes nomme et révoque les membres de son personnel. Elle fixe, sous le contrôle du bureau de la Chambre des représentants, le cadre, le statut et le traitement de son personnel. Elle recrute son personnel par la voie de concours.
La Cour des comptes emploie quelque 500 personnes. Les membres du personnel se répartissent de manière égale entre les rôles linguistiques français et néerlandais. Ils occupent principalement des fonctions d’auditeurs et de contrôleurs.