La Cour des comptes siège toute l’année et se réunit chaque semaine en assemblée générale. La chambre française et la chambre néerlandaise tiennent également une séance hebdomadaire. Toutefois, en cas d'urgence ou à la requête de deux membres, le premier président peut réunir une assemblée générale extraordinaire. Ceci vaut également pour chaque chambre. Les séances ne sont pas publiques.
La Cour des comptes est un collège et fonctionne comme tel. Pour délibérer et prendre des décisions, l'assemblée générale et les chambres doivent réunir la majorité de leurs membres ayant voix délibérative. Les décisions sont prises à la majorité absolue des voix. En cas de parité, la voix de celui qui préside est prépondérante. Les greffiers dressent le procès-verbal des séances auxquelles ils assistent. Ils n'ont toutefois pas voix délibérative.
Les contrôles sont réalisés par les auditeurs et les contrôleurs. Ils font rapport au conseiller, désigné par le premier président ou le président, sur les vérifications effectuées et formulent des propositions d'observations et de recommandations. Les dossiers de contrôle sont ensuite examinés en chambre ou en assemblée générale, qui statue.
La Cour des comptes correspond directement avec les administrations générales. Elle est habilitée à se faire communiquer tous documents et renseignements, de quelque nature que ce soit, relatifs à la gestion des services et organismes soumis à son contrôle. L'autorité compétente est tenue de répondre dans un délai d'un mois, qui peut être prolongé par la Cour des comptes. La Cour des comptes ne correspond pas sur les dossiers qu’elle traite avec les personnes et sociétés privées.